Les sites Natura 2000 (SIC et ZPS) de la baie du Mont-Saint-Michel comptent :

- 46 habitats élémentaires inscrits à l’annexe I de la directive Habitats,
- 2 espèces floristiques inscrites à l’annexe II,
- 21 espèces faunistiques inscrites à l’annexe II,
- x espèces d’oiseaux.

Habitats génériques et élémentaires inscrits à l’annexe I de la directive Habitats et présents dans le site Natura 2000 :

Habitats génériques
Bancs de sable à faible couverture permanente d’eau marine
Replats boueux ou sableux exondés à marée basse
Lanes côtières
Récifs
Végétation annuelle des laisses de mer
Falaises avec végétation des côtes atlantiques et baltiques
Végétations pionnières à Salicornia et autres espèces annuelles
des zones boueuses et sableuses
Prés salés atlantiques
Fourrés halo-nitrophiles
Dunes mobiles embryonnaires
Dunes mobiles du cordon littoral à Oyats (dune blanche)
Dunes côtières fixées à végétation herbacée (dunes grises)
Dunes à Salix repens ssp. Argentea
Dépressions humides intradunales
Lacs eutrophes naturels avec végétation du Magnopotamion ou de l’Hydrocharition
Rivières des étages planitiaire à montagnard avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion
Landes humides atlantiques septentrionales à Erica tetralix
Landes sèches européennes
Mégaphorbiaies hydrophiles d’ourlets planitiaires et des étages montagnard à alpin
Pelouses maigres de fauche de basse altitude
Forêts alluviales à Alnus glutinosa et Fraxinus excelsior
Chênaie, hêtraie atlantique acidiphile à houx
Chênaies pédonculées ou chênaies charmaies subatlantiques et médio européennes du Carpinion betuli
Vieilles chênaies acidiphiles des plaines sablonneuses à Chêne pédonculé (Quercus robur)