Le Site d’Importance Communautaire (SIC) (FR 2500077) couvre une superficie de 38 761 ha.
Il vise à assurer la préservation durable des habitats naturels reconnus d’importance communautaire ainsi que les habitats abritant des espèces d’intérêt communautaire (mammifères, amphibiens, poissons, invertébrés et plantes).
En baie du Mont-Saint-Michel, elle concerne 46 habitats et 23 espèces animales et végétales reconnus au niveau européen.
Son emprise est principalement marine et suit essentiellement le trait de côte, intégrant ainsi les milieux régulièrement ou épisodiquement immergés tels que les prés salés et les cordons coquilliers.
Elle déborde sur sa partie normande pour englober les falaises de Carolles-Champeaux et les dunes de Dragey.
Par ailleurs deux espaces périphériques sont également compris dans le SIC pour leur haute valeur patrimoniale, il s’agit du marais de Sougéal et du bois d’Ardennes.
La Zone de Protection Spéciale (ZPS) (FR 2510048) couvre une superficie de 47 969 ha.
Elle vise à assurer la préservation durable de toutes les espèces d’oiseaux les plus menacées pour lesquelles des mesures spéciales de conservation doivent être prises afin d’en assurer la survie et la reproduction.
En baie du Mont-Saint-Michel, elle concerne 49 espèces d’oiseaux reconnus au niveau européen, dont 24 au titre de l’annexe I de la directive « Oiseaux » et 25 en tant qu’espèces migratrices régulières visées par l’article 4.2 de la même directive.
Son emprise reprend majoritairement celle de la ZSC. Le périmètre est plus conséquent sur la partie terrestre de la baie avec la prise en compte de l’ensemble des marais périphériques qui jouent un rôle primordial dans la conservation des oiseaux d’eau, à savoir les marais de Dol – Châteauneuf, les marais du Couesnon, le marais du Vergon et la mare de Bouillon.
Il faut également y ajouter les polders à l’ouest du Couesnon et les îlots de Cancale.